L’enceinte de la ville haute, en grès rose, sans créneaux ni mâchicoulis, est couronnée d’un parapet percé de nombreuses meurtrières pour armes à feu.Le flanquement du rempart est simplement assuré par un petit bastion et quelques rares échauguettes ou bretèches. Des portes ogivales très simples s’ouvrent dans ce mur :
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tout en haut de la rue de la Citadelle (front est), la porte Saint-Jacques, modifiée par deux arcs cintrés barrant son couloir ogival voûté ;
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au milieu du font ouest, flanquée, côté ville, d’un escalier droit menant au chemin de ronde, la porte de France garde son grand arc ogival bien appareillé, à la navarraise, de même qu’un peu plus bas, la porte de Navarre, couronnée d’un parapet à archères droites ;
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la porte Notre-Dame, face au pont de la Nive, et la porte de l’Échauguette.
Deux murs percés de meurtrières relient la citadelle aux remparts de la cité, l’un vers le nord et la porte Saint-Jacques ; l’autre vers le sud, la Nive et l’église.
L’enceinte du faubourg d’Espagne, encore en grande partie précédée d’un fossé, consiste en un long mur percé de meurtrières, épaulées par endroits, côté intérieur, par de grandes arcades de soutènement, et renforcé aux angles par des bastions munis d’embrasures de tir pour canons. De simples piles carrées encadrent les portes.
Cette description martiale démontre bien l’enjeu du site de Saint-Jean-Pied-de-Port dans le franchissement des Pyrénées. Tour à tour avancée du royaume de Navarre, puis du royaume de France et de Navarre, cette ville connut un développement commercial pour les habitants de Basse-Navarre comme pour les passants des deux royaumes. À ce titre, la porte Saint-Jacques, ouverte sur l’Ostabarret et, au-delà sur la vieille voie de passage nord-sud, symbolise le franchissement des Pyrénées pour les pèlerins.